С одной стороны, в террористических организациях, так же как и в службах безопасности, в повстанческих и партизанских формированиях, используется иерархическая структура. С другой стороны, многие террористические группировки имеют радиальную структуру, в которой имеется лидер, такой как крестный отец мафиозной организации, а все остальные члены расположены по "концентрическим кругам". Часть организаций имеют комбинацию иерархической и радиальной структуры. Часто террористические организации избегают чисто иерархической структуры. Радиальная структура обеспечивает тесную связь между личной верностью друг другу и лидеру и преданностью делу. В этом случае отдельные участники группировки используют особые существующие возможности, так как им не приходится каждый раз получать приказы от всех руководителей, находящихся выше по иерархии, и тем самым в организации обеспечивается большая тактическая гибкость.

Относительно редкое наличие конфликтов, вызванных амбициями и завистью в радиальной структуре, значительно затрудняет проникновение в нее агентов службы безопасности по сравнению с иерархической структурой. Более того, организация с радиальной структурой, в которой отсутствует абсолютное доминирование отдельной личности, обычно менее склонна идти на компромисс или диалог с властью, чем организация, построенная по иерархическому принципу. Из-за своего отрицания компромисса они, скорее, пойдут на гибель или прекращение существования, чем поступятся своей целью.